阿勒泰地区第二高级中学团委下设三个团总支，共35个团支部（包括教师团支部），在校团员1170人。校团委包括希望助学基金会、校园广播站、校园邮局、校园希望话吧、团委网站、启新校刊、阳光在线团报、校园乐队等多个社团和组织。

    在校党委和地区团委的领导和大力支持下，校团委多次受到团地委的嘉奖，各县市团委经常到我校观摩团建工作，二中团委已成为阿勒泰地区学校共青团工作的一杆旗帜。